In epoca barocca venne realizzata l’attuale facciata con l’orologio, la scalinata e l’atrio.
Al tempo della Repubblica di Amalfi la chiesa era la Cappella Palatina dove venivano incoronati i Duchi e dove si depositavano le loro ceneri. Le testimonianze più antiche sono: una pietra tombale del XIV sec. raffigurante la nobil dama atranese Filippa Napolitano; una lastra marmorea del XII sec. raffigurante due pavoni. Il pavone, sacro a Giunone, era venerato da molti popoli orientali: in quanto simbolo della vanità e dell’orgoglio, ben rappresentava le qualità preponderanti nei nobili di Amalfi; era però anche simbolo di resurrezione; le porte di bronzo, realizzate nel 1087, donate alla chiesa dal nobile atranese Pantaleone Viarecta, lo stesso che aveva inviato vent'anni prima la porta del Duomo amalfitano. Suddivise in formelle di pregevole valore artistico, contengono l’effige di Cristo, quella della Madonna e di alcuni Santi. Attualmente sono custodite presso la chiesa di Santa Maria Maddalena.
